Trong quá trình thảo luận, đại biểu Quốc hội tỉnh Kon Tum Tô Văn Tám đã cùng với 21 đại biểu Quốc hội phát biểu ý kiến và 3 đại biểu Quốc hội phát biểu tranh luận về các nội dung: Ngành nghề ưu tiên phát triển tại các đặc khu; Về ngành nghề kinh doanh có điều kiện; Về cơ chế chính sách; Về hiệu quả và lợi ích khi phát triển các đặc khu này; Về cấp giấy phép đầu tư theo thủ tục rút gọn; Về thu hồi đất; Vấn đề chuyển tiếp các ưu đãi và các thủ tục đầu tư đối với các dự án đang thực hiện; Vấn đề quy hoạch; Về thuế tiêu thụ đặc biệt của casino; Về nhà đầu tư chiến lược; Về khiếu kiện hành chính của người đứng đầu đặc khu; Về Hội đồng nhân dân bầu Chủ tịch đặc khu;… Đại biểu Quốc hội Tô Văn Tám đã phát biểu tham gia 4 ý kiến vào dự án luật này về việc xác định đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt là một cấp chính quyền; Về nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân, Ủy ban nhân dân và Chủ tịch Ủy ban nhân dân; Về chính sách ưu đãi thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; Về đấu thầu tại đặc khu.

Theo đại biểu Quốc hội Tô Văn Tám, dự thảo luật đã được chỉnh lý hoàn thiện nhiều nội dung về quy hoạch, chính sách đặc biệt về phát triển kinh tế - xã hội, tổ chức và hoạt động của bộ máy chính quyền, đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt. Với dự thảo này sau khi tiếp thu, chỉnh lý tại kỳ họp này sẽ đủ điều kiện để Quốc hội thông qua.

Quán triệt sâu sắc quan điểm của Đảng, Hiến pháp năm 2013 về tổ chức, hoạt động của chính quyền, đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt, dự thảo đã xác định đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt là một cấp chính quyền và trực thuộc tỉnh, là một cấp chính quyền có Hội đồng nhân và Ủy ban nhân dân như thế phù hợp với Hiến pháp 2013. Trên cơ sở đó dự thảo đã thiết kế chính quyền đặc khu với những nội dung đổi mới cơ bản về cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm, đảm bảo tinh gọn hoạt động hiệu lực, hiệu quả là phù hợp với thực tiễn của các địa phương có đặc khu và tinh thần của các nghị quyết của Đảng, đặc biệt Nghị quyết Trung ương 7, khóa XII…  

Về nhiệm vụ, quyền hạn của Chủ tịch Ủy ban nhân dân đặc khu tại Điều 69 khoản 1 quy định: "Chủ tịch Ủy ban nhân dân đặc khu thực hiện nhiệm vụ quyền hạn của Hội đồng nhân dân thành phố thuộc tỉnh và quyền hạn của Ủy ban nhân dân thành phố thuộc tỉnh", nên xem lại vì nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân thành phố thuộc tỉnh vừa thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân cấp huyện, vừa có nhiệm vụ, quyền hạn riêng của đô thị. Hội đồng nhân dân làm việc tập thể nên có những quyền của cấp huyện giờ giao cho Chủ tịch Ủy ban nhân dân đặc khu với tư cách cá nhân thì khó có thể thực hiện một số quyền, như quyền giám sát quyền lực thì Chủ tịch Ủy ban nhân dân đặc khu không thể thực hiện vì quyền này chỉ có Hội đồng nhân dân. Đại biểu Quốc hội Tô Văn Tám đề nghị nên giao việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân thành phố thuộc tỉnh giao về cho Hội đồng nhân dân đặc khu, như vậy Hội đồng nhân dân đặc khu vừa thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng nhân dân cấp thành phố thuộc tỉnh, vừa thực hiện nhiệm vụ quyền hạn riêng. Còn Chủ tịch Ủy ban nhân dân đặc khu thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp thành phố thuộc tỉnh và các quyền hạn riêng như trong dự thảo….

Sau khi các đại biểu Quốc hội phát biểu ý kiến và phát biểu tranh luận, trước khi kết thúc Phiên làm việc này, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng đã báo cáo, làm rõ một số vấn đề đại biểu Quốc hội nêu.

Theo Chương trình làm việc của Kỳ họp thứ 5, sáng ngày thứ sáu, ngày 15-6-2018 Quốc hội sẽ biểu quyết thông qua Luật Đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Vân Đồn, Bắc Vân Phong, Phú Quốc./.