Mặt khác qua quá trình tổ chức thực hiện luật trách nhiệm bồi thường của nhà nước,bên cạnh những mặt tích cực được dư luận và nhân dân đánh giá cao, vẫn còn những tồn tại bất cập khó khăn cho cả người được bồi thường và cơ quan có trách nhiệm bồi thường, như mức bồi thường ,thủ tục bồi thường, xác định cơ quan có trách nhiệm bồi thường vv…những khó khăn bất cập đó đã làm cho người được bồi thường cũng như dư luân có nhiều bức xúc, khắc phục những bất cập này là yêu cầu của thực tiễn và của người dân.Khi nghiên cứu dự luật này, Có vấn đề đặt ra là có xác định trách nhiệm bồi thường trong hoạt động lập pháp lập quy hay không, có ý kiên đề nghị xác định trách nhiệm bồi thường không chỉ trong hoạt động tổ chức thực thi pháp luật mà còn xác định cả trách nhiệm bồi thương trong hoạt động lập pháp lập quy, tôi cho rằng hoạt động lập pháp lập quy là hoạt động nhẵm xác lập những quy tắc ứng xử chung trong xã hội, thể hiện ý chí nguyện vọng của quần chúng nhân dân, và đáp ứng yêu cầu quản lý mọi mặt đời sống xã hội bằng pháp luật đó là hoạt động tập thể và có tính quyền lực đặc biệt,pháp luật tác động vào đối tượng mà nó điều chỉnh thông qua hoạt động cụ thể của cơ quan, tổ chức và cá nhân có thẩm quyền, hoạt động này mới trực tiếp gây thiệt hại cho công dân và xã hội, bởi vậy không thể xác định trách nhiệm bồi thường thiệt hại đối với hoạt động lập pháp lập quy, mà chí xác định trách nhiệm bồi thường thiệt hại đối với hoạt động tổ chức thực hiên pháp luật là chính xác và thỏa đáng.

 Điều 1 của dự luật quy định trách nhiệm bồi thường của nhà nước đối với thiệt hại do người thi hành công vụ gây ra cho cá nhân tổ chức trong 3 lĩnh vực: Quản lý hành chính, tố tụng và thi hành án, về vấn đề này hiến pháp năm 2013 có quy định: Mọi người có quyền khiếu nại tố cáo với cơ quan nhà nước, tổ chức cá nhân có thẩm quyền về những việc làm trái pháp luật của cơ quan tổ chức cá nhân, cơ quan tổ chức cá nhân có thẩm quyền phải tiếp nhận, giải quyết khiếu nại tố cáo, người bị thiệt hại có quyền được bồi thường về vật chất, tinh thần và phục hồi danh dự theo quy định của pháp luật… Người bị bắt tạm giữ, tạm giam, khởi tố điều tra truy tố xét xử thi hành án trái pháp luật có quyền được bồi thường thiệt hại về vật chất tinh thân và phục hồi danh dự, như vậy quyên được bồi thường là quyền của công dân được hiến định, nếu dự xác định 3 lĩnh vực như vậy có khả năng sẽ thiếu các lĩnh vức khác mà công dân bị xâm hại, và như thế khi xảy ra thiệt hại sẽ không có cơ sở để bồi thường, bởi vậy đề nghị cân nhắc và xác định lại phạm vi trách nhiệm bồi thường bằng cách rà soát lại các luật khác để bổ sung cho đầy đủ và toàn diện hơn. Về việc xác định cơ quan bồi thường, không nên quy định nhiều cơ quan bồi thường cơ quan gây thiệt hại, cơ quan giải quyết bồi thường mà cần xác định rõ chỉ một cơ quan có trách nhiệm bổi thường, đó là cơ quan nào gây thiệt hạn thì cơ quan đó có trách nhiệm bồi thường. Đồng thời luật cần quy định rõ thời gian, hạn mức cụ thể tức là cách tính giá trị bồi thường, thủ tục bồi thường, nếu quy định theo hướng phải có chứng từ hóa đơn thì sẽ khó khăn cho người được bồi thường, bởi nếu họ đã vào tù lâu năm rồi thì còn đâu chứng từ, mặt khác trong quá trình tố tụng người bị tố tụng đâu có suy nghĩ sẽ được bồi thường mà giữ chứng từ, hóa đơn, bởi vậy cần cần xem lại những quy định này để thuận tiện cho người bị oan, tránh dây dưa gây bức xúc trong nhân dân.

 Cách thức tổ chức bồi thường cũng là một nội dung cần được hoàn thiện, dự luật cũng đã có những quy định khá cụ thể về cách thức bồi thường về vật chất, nhưng những quy định về cách thức bồi thưỡng về tinh thần đó là công khai xin lỗi còn chưa rõ, thực tế đã diễn ra cơ quan bồi thường đến gặp người được bồi rồi đọc lời bồi thường rất ngắn gọn rồi ra về, sự việc diễn ra trong khoảng 5 phút, mà người dân chưa có cơ hội được bày tỏ nỗi niềm hay giãi bày gì thì buổi xin lỗi đã kết thúc rồi, làm cho người dân cảm giác hụt hẫng, mà buổi xin lỗi như là mang tính hình thức cho xông chuyện, nên gây bức xúc cho ngườ dân và dư luận, bởi vậy cần hoàn thiện teo hướng, bổ sung thêm các quy định về cách thức công khai xin lỗi để đảm bảo cho buổi xin lỗi thực sự đầy ý nghĩa của việc bồi thường.