Các chế định về bồi thường thiệt hại do hành vi vi phạm pháp luật về  bảo vệ môi trường gây ra đã được quy định khá đầy đủ trong hệ thống pháp luật hiện hành, như Luật bảo vệ môi trường, Bộ luật dân sự, Nghị định số 03/2015 của Chính phủ vv… Theo quy định của Luật bảo vệ môi trường sửa đổi bổ sung năm 2020 thì việc bồi thường thiệt hại về môi trường được thực hiện theo 3 phương thức, thứ nhất, thông qua hòa giải; thứ hai, giải quyết tranh chấp bằng trọng tài; thứ ba, giải quyết bằng tòa án. Trên thực tế phương thức giải quyết thông qua trọng tài hầu như rất ít được áp dụng, vì chưa xác định được trọng tài nào sẽ giải quyết việc bồi thường thiệt hại về môi trường, trọng tài thương mại hay trọng tài kinh tế hầu như chỉ xem xét, giải quyết những tranh chấp các hợp đồng kinh tế, thương mại giữa các bên, trong khi các tranh chấp về bồi thường thiệt hại về môi trường là các tranh chấp ngoài hợp đồng. Do đó đối với những thiệt hại về tài sản, sức khỏe, tính mạng của người dân trong các vụ việc do ô nhiễm môi trường gây ra, thường được giải quyết thông qua thỏa thuận thương lượng giữa các bên, hoặc khởi kiện ra tòa án. Phương thức thỏa thuận, thương lượng, hòa giải ngoài tố tụng là phương thức thường được sử dụng nhiều nhất, vì đây là phương thức dễ thực hiện, tính chất đơn giản và hiệu quả hơn, bởi người bị hại sử dụng nhiều phương thức này là do việc thu thập chứng cứ, giám định thiệt hại, và chứng minh thiệt hại do hành vi gây ô nhiễm môi trường của đối tượng vi phạm gây ra thường rất khó khăn, nhất là đối với cá nhân, do thời gian xảy ra hành vi gây ô nhiễm có thể đã quá lâu, hay việc tích tụ gây ô nhiễm môi trường có thời gian quá dài, hay cá nhân không có phương tiện quan trắc, chi phí cho giám định và xác định thiệt hại cao. Phương thức khởi kiện tại tòa án là phương thức thường được sử dụng, để đòi bồi thường thiệt hại đối với các vụ việc đã có đủ hồ sơ, chứng cứ buộc tội người vi phạm, gây thiệt hại về môi trường, hoặc khi thương lượng, hòa giải không đạt được kết quả. Pháp luật về bồi thường thiệt hại do hành vi gây ô nhiễm môi trường mặc dù đã được quy định khá đầy đủ, tuy nhiên việc áp dụng các quy định này trên thực tế chưa nhiều, số lượng các vụ việc khiếu nại yêu cầu bồi thường thiệt hại về môi trường của các tổ chức, cá nhân cho thấy mỗi năm cả nước chỉ có khoảng 100 đến 200 vụ việc, và hầu hết những vụ việc này đều được giải quyết thông qua con đường thương lượng, thỏa thuận, rất ít vụ việc đưa ra tòa án giải quyết. Rất nhiều vụ việc doanh nghiệp gây ô nhiễm môi trường không thực hiện bồi thường theo đúng nghĩa, mà chỉ thỏa thuận hỗ trợ người bị thiệt hại. Để đòi yêu cầu bồi thường thiệt hại pháp luật quy định người khởi kiện phải có tài liệu chứng cứ chứng minh quyền lợi ích hợp pháp của mình bị xâm hại, nghĩa vụ chứng minh này là rất khó khăn, vừa không chỉ chứng minh thiệt hại đối với sức khỏe, tính mạng, tài sản và lợi ích hợp pháp của mình, mà còn chứng minh được mối quan hệ nhân quả giữa thiệt hại về môi trường tự nhiên với thiệt hại về tính mạng, sức khỏe, tài sản do thiệt hại về môi trường gây ra với hành vi gây ô nhiễm môi trường, bởi vậy để chứng minh được như vậy đối với cá nhân khởi kiện là có thể nói là bất khả thi, nếu không có sự vào cuộc của các cơ quan nhà nước. Vụ xử lý đối với công ty formosa gây ô nhiễm môi trường là một ví dụ điển hình, ban đầu công ty kiên quyết không thừa nhận hành vi vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường, Chính phủ đã chỉ đạo và giao Bộ tài nguyên và môi trường chủ trì phối hợp với các bộ, ngành củng cố hồ sơ, chứng cứ chứng minh sự vi phạm bằng hình ảnh, số liệu quan trắc, sơ đồ vận hành, kết luận thanh tra vụ việc vv… lãnh đạo công ty mới chịu thừa nhận hành vi vi phạm và chấp nhận bồi thường thiệt hại. Từ đó cho thấy trách nhiệm của cơ quan nhà nước là hết sức quan trọng và quyết định trong việc giải quyết yêu cầu bồi thường thiệt hại về ô nhiễm môi trường, Luật bảo vệ môi trường năm 2020 đã quy định rõ trách nhiệm yêu cầu bồi thường thiệt hại và xác định thiệt hại môi trường, từ Ủy ban nhân dân cấp xã đến cấp tỉnh và của Bộ tài nguyên và môi trường. Cơ quan quản lý nhà nước về môi trường có trách nhiệm kiểm tra, giám sát về môi trường, giải quyết khiếu nại về ô nhiễm môi trường, và giải quyết các yêu cầu bồi thường thiệt hại do gây ô nhiễm môi trường./.