Khi luật đi vào cuộc sống cho thấy các loại thuế bảo vệ môi trường chỉ tập trung đánh vào đối tượng là người tiêu dùng, trong khi còn nhiều đối tượng khác là các doanh nghiệp sản xuất thì chưa được chú trọng, mà chỉ mới thu phí, bởi vậy cần chuyển các đối tượng này sang thu thuế về khí thải, ô nhiễm nguồn nước, như thế sẽ nâng cao hơn ý thức trách nhiệm của các doanh nghiệp trong bảo vệ môi trường. Mặt khác mức thuế bảo vệ môi trường đối với một số hàng hóa quy định như trong luật hiện hành là chưa thật hợp lý, chưa đủ lực để thúc đẩy sản xuất thân thiện và tiêu dùng xanh bảo vệ môi trường, chưa cân đối hài hòa giữa yêu cầu tăng trưởng nhanh với tăng trưởng bền vững trong chính sách thuế, chẳng hạn như túi ni lông đã được đưa vào đối tượng chịu thuế với mức thuế tuyệt đối là 30.000 đến 50.000 đ/ kg, nhưng mức độ tiêu thụ ni lông trên thực tế vẫn không giảm, nếu có giảm cũng chỉ mới giảm tại các siêu thị lớn của các thành phố còn tại các chợ truyền thống rất chế, vấn đề cần đặt ra là bên cạnh việc đánh thuế vào túi ni lông cần có cơ chế chính sách hỗ trợ đối với các doanh nghiệp thu gom và tái chế rác ni lông hoặc sản xuất sản phẩm thân thiện với môi trường thay thế túi ni lông. Mức thuế đối với xăng dầu được wuy định là: xăng, trừ etanol 1000- 4000 đ/lít; dầu diezel 500- 2000 đ/lít; dâu mazut 300- 2000 đ/lít; dầu nhờn 300- 2000 đ/lít … là chưa đủ lớn để thúc đẩy tiết kiệm, hiệu quả loại nhiên liệu này, bởi vậy cần tính toán điều chỉnh lại cho phù hợp với yêu cầu sử dụng tiết kiệm và hiệu quả xăng dầu vừa đảm bảo yêu cầu bảo vệ môi trường, mặt khác xăng dầu thường bị hao hụt trong quá trình quản lý lưu trữ, vận chuyển, bơm rót , điều đó sẽ tác động đến môi trường, bởi vậy cần thu thuế xăng dầu ngay từ khi nhập khẩu, như thế sẽ chặt chẽ hơn.